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其實沒那么復雜:疑難樣本核酸提取指南

發(fā)布時間:2018-08-16瀏覽次數(shù):1307返回列表

相信大家在研究過程中總會遇到一些「奇葩」樣本,他們就像攔路虎一樣,總是在找我們的麻煩。DNA 提取得率低,RNA 提出總是降解,這些樣本躲又躲不開,繞又繞不過,提還提不出來簡直就是煩死個人!

 


其實沒那么復雜,靜下心來仔細思考一下提取過程就能理出一條線索,解決這個問題。先是樣本的裂解或者破碎,很多疑難樣本在這一步就已經(jīng)擋在了我們的面前,比如某些植物的根部以及較為堅韌的莖部等。這些樣本破碎起來特別困難,尤其是當大量樣品需要處理的時候,我們經(jīng)常會選擇通量較高的鋼珠打樣器,當然還有傳統(tǒng)的液氮研磨,但這兩種方法要么費時間,要么打不透,這個時候我們就需要一些新的思路,比如使用纖維素酶或者果膠酶處理,電動組織研磨器等等。

 


破碎之后我們需要裂解細胞,目前常用的方法有 SDS(十二烷基硫酸鈉)法和 CTAB(十六烷基三甲基溴化銨)法,SDS 法比較溫和,容易保證 DNA 的完整性,而 CTAB 法則較為強烈,當植物樣本成分復雜,多糖多酚含量較高時,一般會選用 CTAB 來進行裂解。


 

有一些樣本比較惡心,比如痰液、精液等,這類樣本的特點是比較粘稠,提取前需要我們將它們稀釋,以痰液的為例,需要加入 DTT(二硫蘇糖醇)、Sacomanno 液(乙醇、聚乙二醇、利福平混合液)來液化;而精液 DNA 提取對象大多是精子,需要將精液離心后用 SWB(10 nmol Tris-HCl,10 mmol EDTA,1mol NaCl,pH 7.0)洗滌,接下來利用 SDS、DTT 解離,再用蛋白酶 K 消化。


 
DNA 提取的下一步是沉淀,而如果使用試劑盒就是上柱。相信許多同學在提取 DNA 的時候都在使用試劑盒,的確,自從核酸提取進入了試劑盒時代之后,我們提取的效率大幅度提升。但是也出現(xiàn)了另一個問題,那就是在有限的樣本量的前提下,我們?nèi)绾文軌蜃ト〉胶哿康暮怂崮??以提取血清血漿樣本中的游離核酸為例,常規(guī)的試劑盒很難處理這樣的情況,需要試劑盒中配備一些特殊組份來捕捉這些游離核酸,并幫助其結合在柱膜上,所以大家在購買試劑盒的時候需要做好選擇。

 


接下來就是洗脫或者溶解了,目前市面上所售的各種試劑盒大多采用硅基質膜,這種膜的特點是在高 pH 值條件下與核酸分離,所以我們?nèi)绻贿x擇試劑盒中的洗脫液的話,我們可以用 pH 7.5-8.0 的水來代替,可以根據(jù)自己的需求來調(diào)整洗脫量,但洗脫時需要將膜完全覆蓋,這樣才能保證洗脫的率。這么看來,DNA 提取的過程是不是很清晰呢?
 

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