20世紀(jì)90年代初期，支撐深圳經(jīng)濟發(fā)展的加工貿(mào)易業(yè)出現(xiàn)嚴(yán)重滑坡，促使深圳市踐行創(chuàng)新發(fā)展戰(zhàn)略，尋找科技資源以支撐高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展，力求突破技術(shù)缺乏、人才缺乏的制約；同一時期，國務(wù)院提出了“科技工作面向國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場”的口號，號召強化技術(shù)開發(fā)和推廣，加速科技成果商品化、產(chǎn)業(yè)化的進程。為了在高校和企業(yè)之間、科研成果和市場產(chǎn)品之間建設(shè)橋梁，清華大學(xué)與深圳市政府創(chuàng)建了深圳清華大學(xué)研究院，其戰(zhàn)略目標(biāo)為“服務(wù)于清華大學(xué)的科技成果轉(zhuǎn)化、服務(wù)于深圳的社會經(jīng)濟發(fā)展”，從此開啟了中國新型科研機構(gòu)的嶄新探索。